ต่อมาเมื่อสิ้นบุญท่านเจ้าพระคุณทั้งสองแล้ว วัดใหญ่ทองเสน ก็กลายเป็นวัดร้าง ปล่อยให้ต้นไม้น้อยใหญ่และเถาวัลย์ขึ้นปกคลุมไปหมด ทั้งอุโบสถ หอพระไตรปิฎก และวิหารองค์พระป่าเลไลยก์ และในขณะนั้นวัดใหญ่ทองเสนนับว่าเป็นวัดที่มีปูชนียสถานใหญ่โตมาก ชาวบ้านอาจเข้าใจว่าเป็นคนละวัดเพราะมีสิ่งปกคลุมไปทั่ว ที่เห็นมีอุโบสถ เรียกว่า วัดใหญ่ทองเสน และส่วนที่เห็นมีพระป่าเลไลยก์ ก็เรียกว่า วัดป่า (ป่าเลไลยก์) คล้ายกับว่าเป็นวัดแฝด เพราะอยู่ติดชิดกันมากแม้แต่ในผังก็เขียนลงไปว่า วัดใหญ่ทองเสนและวัดป่า

กล่าวกันว่า พระอธิการปั้น ได้เข้ามาจำพรรษาที่วัดใหม่ทองเสน ประมาณปี พ.ศ. 2430 ในสมัยรัชกาลที่ 5 ขณะนั้นเป็นวัดร้างไม่มีพระภิกษุอยู่ประจำเลยแม้แต่รูปเดียว พระอธิการปั้นได้ตรวจดูสภาพวัด เห็นว่าอุโบสถ หอไตร และวิหาร ทั้งองค์พระป่าเลไลยก์ยังมีความสมบูรณ์ทุกอย่าง ไม่มีอะไรเสียหาย แต่บริเวณวัดนั้นเต็มไปด้วยต้นไม้น้อยใหญ่และเถาวัลย์ ขึ้นปกคลุมไปทั่ววัด ท่านจึงได้ดำเนินพัฒนาร่วมกับชาวบ้าน ทำการหักล้างถางพง บูรณปฏิสังขรณ์

เกี่ยวกับพระอธิการปั้นนั้น พระอธิการบุ่งผู้เป็นศิษย์ ได้บอกว่า ท่านอาจารย์ (พระอธิการปั้น) เข้ามาอยู่ประจำที่วัดใหม่ทองเสนนี้ ประมาณปี 2430 แต่มิได้บอกว่ามาจากที่ใด บอกแต่ว่าอยู่ในเมืองหลวง (กรุงเทพ ฯ) เหมือนกัน ส่วนท่าน (พระอธิการบุ่ง) เคยอยู่ที่วัดราชนัดดามาก่อน หรืออาจะอยู่วัดเดียวกันก็ได้ เพราะเป็นศิษย์และอาจารย์ซึ่งกันและกัน พระอธิการบุ่งได้กล่าวว่า เมื่ออาจารย์ (พระอาจารย์ปั้น) มาอยู่วัดใหม่ทองเสนใหม่ๆ ท่านบอกว่ามีเถาวัลย์ขึ้นปกคลุมที่อุโบสถ หอไตร ตลอดทั้งวิหารพระป่าเลไลยก์ไปทั่ว มีต้นไม้ใหญ่และเล็กมากจนไม่มีบริเวณวัด ทำให้วัดทรุดโทรมมาก ไม่มีบ้านเรือนชาวบ้าน มีแต่กองทหาร 2 หน่วย คือ กองพันทหารม้า อยู่ทางบางกระบือและกองพัน ปตอ.  ก็อยู่ติดคลองบางซื่อ ไม่มีบ้านครอบครัวทหารเลย ต้องออกไปรับบิณฑบาตไกล ผ่านเรือกไร่ สวน และข้ามคลองเล็กๆ น้อยๆ ลำบากมาก ท่านได้ให้ชาวบ้านชาวสวนมาช่วยหักล้างถางพง จนวัดสะอาดขึ้นผู้คนเริ่มเข้ามาวัด และมาไหว้สักการะหลวงพ่อพระป่าเลไลยก์ อาจารย์กล่าวว่า ทั้งวัดใหญ่ทองเสนและวัดป่าเลไลยก์รวมกันแล้วเหลือพื้นที่ไม่ถึง 10 ไร่ ท่านจึงให้รวมเป็นวัดเดียวกันโดยให้ชื่อใหม่ว่า “วัดใหม่ทองเสน” ตั้งแต่นั้นมาจนถึงปัจจุบัน

หลวงปุ่บุ่ง หรือพระอธิการบุ่ง เปสโล บอกว่า ท่านเป็นศิษย์ พระอธิการปั้น และอยู่กับ พระอธิการปั้นมานาน ถ้าท่านกล่าวถึงพระอธิการปั้นท่านจะพูดว่า “ท่านอาจารย์” เสมอและพระอธิการบุ่ง กล่าวว่า ท่านอาจารย์เคยเล่าให้ฟังว่า หลังจากบวชมาแล้วประมาณ 7-8 พรรษา ได้เข้าไปกราบสมเด็จฯ อยู่ 4-5 ครั้ง ขณะนั้นสมเด็จฯ อายุประมาณ 80 กว่าแล้ว แต่ยังมีความจำดีมาก ท่านจะพูดถึงวัดใหญ่ทองเสนและองค์พระป่าเลไลยก์เสมอ ว่าเป็น พระที่อยู่ในป่ามีแต่ความสงบ ดังที่พระพุทธองค์ได้หนีจากหมู่พระภิกษุที่ไม่มีความสามัคคีกัน มีแต่ความวุ่นวาย พระองค์หลีกหนีไปอยู่ที่ป่ารักขิตวัน มีแต่ช้างกับลิงเท่านั้นมาดูแลอุปัฏฐาก ทุกอย่างมีแต่ความสงบสุข สมเด็จฯ บอกว่า นั่นคือ สภาพแวดล้อม ความเป็นไปในขณะนั้นให้เกิดหรือสร้างองค์พระป่าเลไลยก์ขึ้น และก็บอกว่าองค์พระป่าเลไลยก์นั้นมีความสมบูรณ์อยู่ในองค์พระทุกอย่าง เพราะได้ร่วมกันกับเจ้าคุณพระธรรมอุดม (ถึก) และอาจารย์อีกหลายท่านได้ ทำพิธีอยู่เป็นเดือนหากมีเวลา ควรไปดูไปปฏิบัติธรรมที่นั้นจะได้รับความสงบสุขมาก เพราะเป็นวัดอยู่นอกเมืองและมีต้นไม้ใหญ่ๆทั้งนั้น ที่กล่าวมานี้ เนื่องจากพระอธิการบุ่งได้สนทนาเรื่อง การที่จะพัฒนาวัดใหม่ทองเสนและเล่าความเป็นมาของวัดให้พระอาจารย์พิชัย ธมมปาโล และพันเอก(พิเศษ)เดชา กาลบุตร(ไวยาวัจกรวัดใหม่ทองเสน) พร้อมด้วยคุณนายแฉล้ม กาลบุตร ฟังในปี พ.ศ. 2513 พระอธิการบุ่ง บอกว่า ที่จำได้ดีนี้เพราะได้บันทึกไว้ในสมุดด้วย เนื่องจากอาจารย์บอกให้เขียนไว้เพื่ออ่านดูความเป็นมาของ วัดบ้าง จึงได้เขียนไว้และท่านก็เอาลายมือเก่าๆ ที่เขียนไว้มาให้ดู